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Antoine Bralet
Étude comparative de modèles Vision-Langage pour la segmentation en microscopie électronique subcellulaire
19 mars 2026 - 09:00Salle de conférences IRMA
La segmentation de structures subcellulaires dans les données de microscopie électronique (ME) constitue un enjeu majeur pour l’analyse quantitative en biologie cellulaire. Les approches supervisées conventionnelles nécessitent toutefois un volume important d’annotations expertes, coûteuses et difficiles à généraliser entre laboratoires. L’émergence des modèles Vision-Langage (VLM), capables d’exploiter simultanément informations visuelles et prompts, offre de nouvelles perspectives pour réduire cette dépendance aux données annotées. Cependant, ils ne sont que peu déployés pour les données de microscopie électronique. Dans cette présentation, nous proposons d’explorer le comportement de deux VLMs standards (CLIP et BiomedCLIP) étendus à la segmentation d’organelles en ME à balayage par faisceau d’ions focalisés (FIB-SEM). Trois objectifs sont visés dans cet article : (1) Explorer la transférabilité des VLM de classification à la segmentation multi-modale. (2) Explorer l’impact du pré-entraînement (images naturelles pour CLIP contre images médicales pour BiomedCLIP) sur les performances en ME. (3) Explorer la sensibilité de ces modèles aux prompts utilisés. Dans ce dernier cas, plusieurs prompts sont envisagés : un prompt naïf, des prompts avec une description du contexte biomédical d’acquisition et des prompts avec une description des motifs recherchés.
A propos de l'orateur : Antoine Bralet est actuellement maître de conférences en informatique au laboratoire ICube de Strasbourg dans l’équipe IMAGeS. Il a soutenu sa thèse en octobre 2024 sur la détection et segmentation de glissements de terrain sur des images satellitaires multimodales au laboratoire LISTIC à Annecy. Ses travaux en traduction de modalité et explicabilité de réseaux de neurones l’ont poussé vers de nouvelles problématiques liées à l’adaptation de domaine et à l’apprentissage de représentation lors de son post-doctorat à l’IRISA de Vannes. Il continue désormais ses recherches au laboratoire ICube en développant de nouvelles méthodes non seulement appliquées à des images satellitaires mais également à des images biomédicales. -
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